داستان سریال گرگ ها از محکومیت مردی به نام صفدر آهنگر شروع می‌شود که محکوم به اعدام شده است و حکیم شهر که مردی متقی و پرهیزگار است، به سبب این حکم به مقابله با حاکمیت وقت برمی‌خیزد و در نهایت نهضتی که برپا می‌شود سبب‌ساز سقوط حکومت و آزادسازی زندانیان می‌شود