داستان سریال پدرخوانده, در سه بخش اتفاق می‌افتد. بخش اول مربوط به آغاز سلطنت محمدرضا پهلوی تا سال ۱۳۳۸ و ملی شدن صنعت نفت است. همچنین بخش دوم نیز روایتگر ماجراهای سال ۱۳۳۹ تا ۱۳۵۰، قیام ۱۵ خرداد ۱۳۴۲، تبعید سید روح‌الله خمینی، قانون کاپیتولاسیون و دوران نخست‌وزیری اسدالله اعلم و امیرعباس هویدا است