در هر قسمت از سریال آقای قاضی دو ماجرای کاملاً مجزا پخش می‌شود. هر اپیزود دو فرد یا گروه شاکی و متشاکی (شکایت کیفری) یا خواهان و خوانده (شکایت حقوقی) وارد دادگاه می‌شوند و بعد از بیان مطالبشان قاضی حکم را صادر می‌کند.