فیلم وقت چیدن گردوها قصه روحانی جوانی است که برای دوره کردن درس‌های طلبگی‌اش به روستایی دورافتاده می‌رود و در جوار مرقد عارفی سکنی می‌گزیند. او پس از مدتی درمی‌یابد که متولی آن‌جا اعمال خلافی انجام می‌دهد و در عین حال دلبسته دختر او می‌شود.