داستان فیلم روز سوم این است که در جریان جنگ ایران و عراق، یک زن جوان معلول توسط نیروهای بعثی عراق در استان خوزستان (در جنوب ایران) به اسارت گرفته می شود. برادرش به همراه هم رزمانش تلاش می کند خواهرش را از چنگال دشمن رها کند.